Inició su gobierno con la supresión del Colegio de Santa María de todos los Santos, para confiscar sus bienes.

Impuso al comercio un seis por ciento sobre la exportación del palo de title, aumentó otros impuestos y decretó un préstamo por dos millones de pesos, con cargo al clero y a los propietarios.

Cuando unos comerciantes exigieron a Santa Anna las cuentas del erario, Santa Anna se declaró por encima de las leyes y los puso en prisión. Durante este periodo, los problemas que aquejaban al estado de Yucatán se agravaron, por lo que el 4 de marzo de 1840 el estado declaró que mientras no se restableciera la Constitución Federal, se declaraban independientes.

Santa Anna ordenó el bloqueo de los puertos de Campeche y Sisal lo cual provocó graves daños a la economía del estado; tanto, que la Cámara de Diputados local declaró que Yucatán era ya República independiente.

Tras varios sitios a Yucatán, se llegó a un acuerdo entre éste y el gobierno, el cual se firmó el 21 de diciembre de 1843.

Santa Anna, que vio que la opinión pública lo criticaba muy fuertemente por su conducta, declaró que iniciaría la reconquista del territorio texano, a lo cual respondió el ministro de E. U. que se estaban llevando a cabo acuerdos para firmar la anexión de Texas a este país, por lo que protestarían si Santa Anna cumplía su amenaza.

Su ambición lo llevó a prohibir las ventas que periódicamente llevaba a cabo las iglesias de ciertas joyas y artesanías, lo que causó nuevamente el descontento de la población. Santa Anna, viendo muy adversa su situación, alegó mal estado de salud y nombró presidente interino a Valentín canalizo, y se retiró a su hacienda Manga del Clavo.

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