Durante la independencia, Múzquiz perteneció al bando insurgente, y más precisamente al ejército de Ignacio López Rayón.

Participó en el gobierno de Bustamente y cuando éste tuvo que enfrentarse a los levantamientos causados por la muerte de Guerrero, fue designado presidente interino.

Tras la firma de los convenios de Zavaleta, en los cuales se nombraba a Gómez Pedraza como nuevo presidente, Múzquiz entregó el poder a éste en diciembre de 1832.

En mayo de 1837 fue nombrado diputado al Supremo Poder Conservador o Congreso Constituyente, del que más tarde fue presidente.

Fue designado candidato a la presidencia en 1844, pero las elecciones las ganó Santa Anna. Ese mismo año falleció Múzquiz en la más completa pobreza.

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