Maximilano de Habsburgo había iniciado su imperio desde 1864, pero cuando Napoleón III le anunció que retiraba sus gobiernos, decidió abdicar. Su esposa Carlota se rehusó a hacerlo si antes no iba ella a hablar con Napoleón para exigir que se respetasen los Tratados de Miramar.

Juárez tuvo que trasladar su gobierno de Chihuahua, y de ahí a Zacatecas, donde estuvo a punto de caer en manos de Miramón. Luego se movilizó a Jerez y más tarde a San Luis Potosí.

Maximiliano por su parte, se dirigió a Querétaro, donde tenía muchos partidarios, pero ahí fue hecho prisionero. A pesar de las muchas gestiones que hicieron países amigos de México, la sentencia fue cumplida el 19 de junio de 1867 en lo que se conoce como "El Cerro de las Campanas".

Juárez entró en la capital el 15 de julio de 1867, acompañado de sus ministros y restableció los supremos poderes republicanos. para acabar con todos los imperialistas, mandó fusilar a los generales Santiago Vidaurri y Tomás O«Horan.

Nuevamente se llevaron a cabo elecciones presidenciales, de las cuales salió victorioso Juárez. Este resultado causó rebeliones en Yucatán, Sinaloa y Puebla, pero el gobierno, con facultades extraordinarias logró sofocarlas. Durante este periodo Juárez llevó a cabo muchas reformas.

En lo militar, licenció a muchos integrantes del ejército, hasta que quedaron sólo 30,000 efectivos.
Juárez tuvo muchos problemas de carácter económico, pero eso no le impidió iniciar la parte constructiva de su programa: estableció la educación laica, fundó la Escuela Nacional Preparatoria, dio la concesión para la construcción del ferrocarril hacia Veracruz, inauguró el tramo con dirección a Puebla e hizo fuertes reformas al derecho civil mexicano.

En 1871 correspondían nuevas elecciones. En esta ocasión participarían Juárez, Lerdo de Tejada y Porfirio Díaz. Cuando se supo que Juárez intentaba reelegirse, iniciaron algunos levantamientos que fueron sofocados violentamente por el general Sóstenes Rocha. Aunque no hubo mayoría absoluta, el Congreso determinó triunfador a Benito Juárez, lo que se consideró como un fraude.

Los porfiristas eran los más molestos, así que convencieron a Díaz de que encabezara un movimiento abrigado por el Plan de la Noria, que él proclamó el 8 de noviembre de 1871. En él se proclamaba el desconocimiento de Juárez, el nombramiento de un presidente interino y la revisión de la Constitución para impedir la reelección.

Los rebeldes fueron derrotados y Díaz tuvo que huir al noreste de la República. Cuando se dio por concluida la rebelión, México recibió sorpresivamente la noticia de que Juárez había fallecido en el Palacio Nacional, a causa de una afección cardiaca, el 18 de julio de 1872.

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