Su vida de niño quedó marcada por la pérdida de sus padres a los tres años, y más adelante, por la de sus abuelos.

Mientras sus hermanas trabajaban como sirvientas en la ciudad de Oaxaca, él permaneció con su tío, trabajando como pastor. Pero un día que perdió una oveja, escapó a la casa donde trabajaba una de sus hermanas, que era del señor Antonio Maza. Ahí permaneció unos días, hasta que se le llevó a la casa del padre Antonio Salanueva, donde aprendió gramática, aritmética y encuadernación de libros.

Con el fin de consagrarlo a la vida eclesiástica, fue inscrito en el Seminario conciliar de Oaxaca. Ahí aprendió latín, filosofía, y teología. Como no tenía vocación sacerdotal, se trasladó en 1829 al Instituto de Ciencias y Artes del Estado, en donde estudió Derecho.

En 1831 fue nombrado regidor del ayuntamiento de Oaxaca, de éste modo inició su carrera política.

En 1843 contrajo matrimonio con Margarita Maza, hija del señor que lo recibió en su casa cuando escapó de su tío.

Luego de desempeñar cargos importantes en el gobierno de Oaxaca, fue electo gobernador. Estando en ese cargo de forma interina, no permitió que Santa Anna, quien venía huyendo de la ciudad de México, entrara en ese territorio.

Esta negativa le valió a Juárez que en 1853, cuando volvió Santa Anna al poder, fuera encarcelado y luego deportado a Cuba. Ahí conoció a otros liberales muy importantes, como Melchor Ocampo y Ponciano Arriaga.

Al triunfo del Plan de Ayutla, Comonfort lo invitó a formar parte del gobierno del país, nombrándolo ministro de Justicia e Instrucción Pública. Fue en 1855 cuando expidió la "Ley Juárez", que suprimió los fueros militares y eclesiásticos.

En 1857 Félix Zuloaga proclamó el Plan de Tacubaya, con autorización de Comonfort. Como Juárez no estaba de acuerdo con el golpe de Estado, fue encarcelado. Sin embargo, pronto Comonfort se quedó solo, por lo que, luego de liberar a Juárez y otros liberales, renunció a la presidencia y marchó a Estados Unidos.

Juárez lanzó entonces un manifiesto por medio del cual declaró que asumía el poder de acuerdo con la Constitución. Pero los conservadores se habían adueñado ya de la capital y él tuvo que trasladar su gobierno al estado de Guanajuato, con el apoyo de una alianza conformada por Aguascalientes, Colima, Jalisco, Michoacán, Oaxaca, Veracruz, Zacatecas y el mismo Guanajuato.

Sin embargo, el ataque conservador fue tan fuerte que tuvo que retirarse hasta Jalisco. Ahí, en el mes de marzo, estuvo a punto de ser fusilado por un batallón sublevado. Guillermo Prieto y la Guardia Nacional de Jalisco lo salvaron. Siete días después, Juárez y sus ministros, escoltados por 80 hombres se trasladaron a Colima, de donde salieron rumbo a Panamá para llegar a Veracruz, donde estableció su gobierno.

Mientras tanto en la capital, Miguel Miramón fue nombrado presidente, y resolvió atacar Veracruz, pero fracasó en su intento.

También Degollado, ministro de Guerra y Gobernación al intentar tomar la ciudad, fue sorprendido en Tacubaya por Leonardo Márquez, quien mandó matar no sólo a los jefes prisioneros, sino también a los médicos que atendían a los heridos de ambos bandos.

Estando en Veracruz, Juárez expidió las Leyes de Reforma. La primera consistía en la nacionalización de los bienes eclesiásticos. La segunda era la separación de la Iglesia del Estado, así como la supresión de comunidades religiosas y la prohibición del establecimiento de nuevos conventos.

Luego de éstas, se proclamaron otras leyes, pero de carácter social: la del matrimonio y registro civil, la secularización de los cementerios, la libertad de culto y la reducción de festividades religiosas.

Como uno y otro bando se encontraban en críticas situaciones económicas, buscaron apoyo en el extranjero. Los conservadores lo buscaron en Europa y los liberales en E. U.

Los tratados que firmó Mc Lane con Ocampo, colaborador de Juárez, permitían al ejército estadounidense entrar al territorio mexicano y daban otras concesiones sobre éste. Afortunadamente los tratados no los aceptó el congreso estadounidense. Miramón fue derrotado en Calpulalpan, el 22 de diciembre de 1860 y Juárez, triunfante, entró en la ciudad de México. Ahí organizó un gabinete y expulsó al ministro de España, al de Guatemala, y al delegado apostólico, por inmiscuirse en problemas de la nación y apoyar a los conservadores.

Sin embargo, los conservadores seguían en pie, y un guerrillero de las fuerzas de Leonardo Márquez hizo prisionero a Melchor Ocampo y lo fusiló sin previo juicio.
Degollado y Leandro Valle corrieron la misma suerte al tratar de capturar al asesino de Ocampo.

El 17 de julio de 1861 Juárez decretó la suspensión de pagos por encontrarse en una situación muy precaria. Ese año fue elegido presidente constitucional para el nuevo periodo

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