A pesar de que se negó en un principio a ejercer la presidencia, Herrera permaneció un largo periodo en él, comparado con el que estuvieron sus antecesores.

Durante su mandato ( del 3 de junio de 1848 al 15 de enero de 1851) los norteamericanos abandonaron por fin la ciudad de México, pero continuaron los levantamientos.

Paredes, el expresidente, protestó contra los tratados de Guadalupe Hidalgo, acusando de traidores a quienes lo firmaron. Los indios de Xichú se rebelaron casi al mismo tiempo que Leonardo Márquez, éste en favor de Santa Anna afirmando que su renuncia no era válida por no estar todo el congreso reunido.

Yucatán se sacudió con la feroz guerra de castas, que tenía la finalidad de acabar con todos los blancos de la pequeña y efímera república.La situación era tan desesperante que el congreso yucateco ofreció el gobierno de la península al país que pudiese controlar la situación.
México puso a disposición de Yucatán 150, 000 pesos para colaborar a terminar con la guerra, y en el decreto del 17 de agosto de 1848 se reincorporó a la nación.

En cuanto terminó su periodo, Herrera se retiró a la vida privada, haciéndose cargo del Monte de Piedad hasta 1853, año en que, al parecer, murió en medio de una gran pobreza.

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