Nace en Atoyac, Guerrero. En 1807 hereda una fortuna considerable, sin embargo tiene que trabajar de vaquero hasta 1810, cuando termina su tutela a cargo del subdelegado de Acapulco. Ese mismo año solicita a Morelos unirse a su ejército como soldado raso.

Cuando se consuma la independencia del país, Alvarez se declara republicano, federalista y liberal, por ello se une a Vicente Guerrero y Anastasio Bustamante para combatir a Agustín de Iturbide. Juan Alvarez intenta en 1831 salvar a Guerrero de la traición de Picaluga, sin poder lograrlo. Combate el centralismo de Bustamante.

En 1838 ofrece sus servicios contra los invasores franceses y logra pacificar varios estados del país. En 1844 se enfrenta al gobierno centralista de Antonio López de Santa Anna. Participa en la guerra contra los Estados Unidos de América. En 1854 proclama el Plan de Ayutla. Después del triunfo de dicho Plan, es nombrado Presidente de la República el 4 de octubre de 1855, y renuncia al cargo el 15 de septiembre de 1856.

Su gran experiencia fue de gran apoyo para la elaboración de la Constitución Mexicana de 1857. Juan Alvarez fue un firme defensor de los derechos del campesino, fue declarado Benemérito de la Patria por sus diversas actuaciones en favor de la república federalista.

Murió en su hacienda "La Providencia", el 25 de diciembre de 1922.

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