Cuando estalló el movimiento independiente, Gómez Pedraza se alistó en el ejército de Calleja, quien lo nombró teniente en el regimiento de Fieles de Potosí.

Tras la consumación de la Independencia, se unió fielmente a Iturbide.

Guadalupe Victoria lo nombró Ministro de Guerra en sustitución del general Manuel Mier y Terán.

En 1832 fue propuesto para sustituir a Bustamante, y aunque en un principio su respuesta fue negativa, finalmente accedió.

Una de sus primeras acciones fue la de poner en vigor un decreto que demandaba la expulsión de todos los españoles que hubiesen colaborado en el gobierno bustamantista.

Estaba en el proceso de la expulsión cuando llegó el periodo de elecciones y Gómez Pedraza tuvo que entregar el gobierno a Valentín Gómez Farías.

A fines de 1850, Ignacio Cumplido, dueño del periódico "El siglo XIX" propuso a Gómez Pedraza como candidato a la presidencia, pero él rechazó la propuesta.

Falleció sin haberse confesado, por lo que el clero no permitió que se le enterrara en terreno sagrado, así que se tuvo que construir una cripta para sus restos.

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