Al parecer, Zuloaga era un tanto voluble con respecto de sus convicciones políticas: sirvió tanto al gobierno de Santa Anna, como a la promulgación del Plan de Ayutla. Era gran amigo de Comonfort y cuando a éste lo convencieron de lo radical que era la Constitución de 1857, Zuloaga también se declaró en contra de ésta.

El 18 de septiembre Comonfort consumó el golpe de estado declarándose también partidario de los rebeldes de Tacubaya. Cuando sus amigos liberales protestaron, los mandó encarcelar.

Los consevadores por su lado, lo desconocieron como presidente y nombraron a Zuloaga como presidente interino.
Comonfort trató de defenderse y solucionar su error, pero todos ya lo habían abandonado. Liberó a los encarcelados y se fue al extranjero.

Zuloaga fue también destituido por decreto del Plan de Navidad, que designaba como presidente interino a Manuel Robles Pezuela.

Ya retirado de la vida política fue llamado nuevamente a la presidencia por Leonardo Márquez, Marcelino Cobos y Juan Vicario entre otros, pero este periodo fue bastante impreciso.

En 1865 al ser rechazado por los franceses para unirse a ellos, se desterró a Cuba. Regresó en 1873 y se dedicó al comercio del tabaco hasta su muerte.

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