De ideas centralistas, Canalizo formó siempre parte del grupo selecto de amigos de Santa Anna.

El 4 de octubre de 1843 Santa Anna lo designó presidente interino sin previa autorización del Congreso.

Durante su breve interinato, Canalizo mandó trasladar la escuela de Medicina al Colegio de San Ildefonso; hizo disminuir las contribuciones y trasladó también la Cámara de Diputados a un nuevo local, pues el anterior lo había arruinado la lluvia. Canalizo regresó el poder a Santa Anna cuando éste avisó que ya se encontraba en mejor estado, el 4 de junio de 1844.

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