Gobernó del 19 de abril de 1837 al 20 de marzo de 1839.

Luego de su viaje por Europa, regresó Bustamante. Elegido por el congreso, tomó nuevamente el poder, lo cual lo aceptaron los mexicanos y comenzaron los levantamientos.

Durante este periodo de gobierno suyo, tuvo lugar un conflicto con Francia al que el pueblo llamó "Guerra de los pasteles".

A principios de 1838 llegó a México un representante de Francia que demandaba el pago de 600, 000 pesos por concepto de daños a franceses que habitaban nuestro país, y en particular a un pastelero cuyo negocio se encontraba en Tacubaya. San Juan de Ulúa fue tomada por el ejército francés el 27 de noviembre de 1838.

Santa Anna tomó la dirección del ejército mexicano y en uno de los ataques resultó herido.

En marzo se firmó un tratado con Francia en el que México se comprometía a pagar la cantidad estipulada por daños a franceses que radicaban en México y cesaron por el momento los hostigamientos extranjeros.

La guerra continuó, por lo que Bustamante tuvo que dirigirse a Tampico, y dejó la presidencia interinamente a Antonio López de Santa Anna.

A su regreso, Bustamante se encargó de restablecer las fuerzas de seguridad pública y propuso una serie de reformas a la Constitución Centralista. Durante este periodo, España reconoció la independencia de México y envió su embajador.

El 15 de julio de 1840 José Urrea, un general encarcelado por rebelín, escapó y promovió otro movimiento armado en contra del centralismo. Ese día a las 4 de la madrugada, Bustamante fue detenido por más de 50 soldados.

Las rebeliones continuaban, causando graves problemas a los que se sumaban epidemias, hambre y pobreza del erario.

Se declaró a la ciudad en estado de sitio y se trató de combatir a los rebeldes, pero Bustamante viendo ya la situación muy crítica, firmó el Plan de Tacubaya el 18 de septiembre de 1841, en el que se anulaban los poderes y se nombraba una junta de notables para que designara un presidente.

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